第一任所長 1950-1978中國科學院院士 著名海洋生物學家
第二任所長 1978-1984中國科學院院士 著名海洋生物學家
第三任所長 1984-1987中國科學院院士 著名海洋生物學家
第四-五任所長 1987-1995中國科學院院士 著名海洋地質學家
第六任所長 1995-1998海洋環境生物學家
第七-八任所長 1998-2006海洋生物學家
第九-十任所長 2006-2017海洋生物學家