標識上方文字“中國科學院海洋研究所”選摘自中國科學院第一任院長郭沫若的手書體，中間的“IOCAS”字母組合是研究所的英文縮寫（Institute of Oceanology, Chinese Academy of Sciences），中間類似半圓形圖案代表地球，寓意重點研究領域隸屬地球科學研究；也可代表太陽，寓意海洋研究所的未來發展將如冉冉旭日，海洋所人精誠團結、踏實敬業,開拓創新、和諧共進，研究所的明天會和諧、科學和可持續發展。左下方的交叉曲線代表了浩瀚的海洋,下方的數字1950年表明研究所創建時間是1950年.整體色彩以藍色為主，顯現海納百川，千流所歸的博大浩瀚。

    整體設計穩重、大方、和諧，體現海洋所堅持面向國家對海洋資源可持續利用和海洋生態環境可持續發展的戰略需求，堅持面向國際海洋科學前沿，以把研究所建成具有國際一流水平的海洋科學研究基地、高層次海洋科技優秀人才的培養基地和促進我國海洋高新技術發展的基地為目標。