船舶
　　中國科學院海洋所擁有科學考察船三艘：“科學一號”輪、“科學三號”輪、“創新”輪。由科學考察船隊全面負責管理海洋研究所所屬科學考察船的運行管理、安全保障、船舶維修檢驗、船舶管理人員配備培訓、考察設備維護管理等具體業務工作。
　　 “科學一號”輪是一艘以海洋地質和地球物理調查為主，兼作綜合性海洋調查的洋科學考察船，1980年建于上海滬東造船廠。該船入CCS船級，總長104米、吃水4.9米，排水量3324噸，主機功率7760千瓦。該輪配備有10個實驗室，配備先進的調查儀器，可在近海和遠洋進行地質、地球物理、物理海洋、氣象、化學、生物和環境保護等綜合性研究。
　　“科學三號”輪是我國新千年建造的第一艘海洋科學綜合考察船，主要承擔我國近海綜合性科學考察。該船總長73.9米，型寬10.2米，型深4.6米，滿載排水量1224噸，由國營武昌造船廠建造，于2006年2月2日下水，7月28日交付使用。投入使用以來，多次執行開放共享航次。
　　“創新”輪科學考察船，江蘇紅勝造船廠建造。2006年9月份投入使用。主要承擔“山東膠州灣海洋生態系統國家野外研究站”海上調查工作。

儀器
　　中國科學院海洋研究所自1950年8月成立以來，一直非常重視科研平臺能力建設。經過近60年的努力，目前海洋研究所擁有一大批先進的海洋觀測和室內分析測試設備。截至2008年底，全所科研裝備超過7000臺（套），總價值1.6億元人民幣，其中專用設備2600余臺（套），價值1.2億元人民幣；通用設備超過4000臺（套），價值4500萬元人民幣。其中海洋觀測設備1600余臺（套），價值1.2億元人民幣；室內分析測試設備1000多臺（套），價值6600萬元人民幣。其中大型共用分析檢測設備主要集中在海洋研究所技術支撐平臺——分析測試中心。
　　海洋研究所分析檢測設備儀器實行集中+網絡式管理，公用型大型設備集中在分析測試中心，專用型分布在各個重點實驗室，由分析測試中心統一負責管理工作，主要承擔生態環境、海洋地質、生物技術等方面的分析檢測以及相關研究任務。同時與2008年8月成立的中國科學院海洋科學大型儀器區域中心管理委員會辦公室合署辦公，為我院及相關單位提供儀器設備、技術支持和樣品分析，滿足我院及其它相關單位海洋科學技術發展的需要。